Il Museo di Storia Natutale è ospitato in un'ala del cinquecentesco Palazzo Affaitati, sede del Museo Civico "Ala Ponzone", nucleo originario della sezione scientifica, come per altre sezioni del Sistema Museale della città, è costituito dal lascito del Marchese Giuseppe Sigismondo Ala Ponzone, particolarmente interessante e di grande pregio in quanto il marchese, ancor prima che collezionista, fu naturalista e preparatore. A questo primo nucleo si sono aggiunte, in tempi successivi, altre raccolte donate prevalentemente da naturalisti locali. Negli anni '50, periodo in cui si decise lo spostamento delle collezioni presso Palazzo dell'Arte, venne inaugurato il 30 ottobre 1958, il "nuovo" Museo Civico di Storia Naturale di Cremona. Poi, negli anni novanta, il trasferimento nella sede presso il Parco del Vecchio Passeggio. A partire dal 2011 le collezioni si trovano in maniera permanente presso Palazzo Affaitati. Il percorso,  articolato in sezioni, ha come filo conduttore la trasformazione delle funzioni, da collezione naturalistica "a profitto degli studiosi di questa città ", a istituzione che oggi si occupa della conoscenza e della conservazione del proprio territorio. Il percorso inizia quindi con la sezione storica, costituita prevalentemente dal nucleo originario Ala Ponzone, prosegue con un passaggio sistematico attraverso le singole discipline (mineralogia, paleontologia e zoologia), per arrivare alla lettura del nostro territorio. L'ambiente naturale ed in particolare quello urbano permettono di introdurre un tema di grande attualità  applicato alla situazione locale: una riflessione sulla conservazione della biodiversità . Lo spazio dedicato alla didattica, interdisciplinare e a disposizione di tutte le sezioni del Sistema museale, porta invece ad una riflessione su come l'uomo utilizza le risorse del proprio territorio raccordandosi al tema del rapporto fiume/città  che ha caratterizzato la storia della nostra comunità .