Il Museo Civico "Ala Ponzone" è ospitato negli ambienti del cinquecentesco Palazzo Affaitati; costituitasi nel corso dei secoli principalmente con le raccolte della nobile famiglia Ponzone, col testamento del marchese Giuseppe Sigismondo Ala Ponzone nel 1842, divennero pubbliche, per poi ampliarsi con opere provenienti da chiese soppresse cremonesi e da donazioni o prestiti privati.

Il museo conserva numerose ed importarti opere d'arte, la sezione dedicata al Medio Evo e al Quattrocento con sculture, affreschi strappati, tavolette da soffitto e una ampia selezione della produzione legata alle opere dei Bembo; la Galleria della pittura cremonese del Cinquecento, che offre una completa antologia dei pittori che documentano il passaggio dalla tradizione quattrocentesca alla maniera moderna (Boccaccino, Pedro Fernandez, Aleni e Galeazzo Campi) e l'affermazione della nuova sensibilità rinascimentale attraverso le opere di Camillo Boccaccino, di Gian Francesco Bembo e dei Campi, anticipatori della sensibilità  naturalistica che approderà  a Caravaggio, qui illustrato dal celebre San Francesco in meditazione.

La Sala di San Domenico ospita una serie di opere provenienti dalla demolita chiesa  e mostra gli apporti milanesi nella cultura locale del Seicento (Cerano, Nuvolone, Procaccini). Le sale successive sono dedicate alla natura morta cremonese (in questa sala, tra l'altro, è esposto il celebre dipinto di Giuseppe Arcimboldi "L'ortolano"), ai ritratti di casa Ponzone e alle testimonianze della pittura dei secoli XVII (Genovesino), XVIII e XIX con l'affermazione del Neoclassicismo (Diotti) e del Romanticismo (Piccio). E' presente anche una selezione di arti applicate (porcellane orientali, ceramiche e maioliche lombarde ed europee, avori, smalti)  il Gabinetto dei Disegni e delle Stampe.

Il Museo Civico ospita inoltre Le Stanze per la Musica una importante e rara collezione di strumenti storici a corda grazie all'impegno e alla passione di Carlo Alberto Carutti; la collezione ripercorre quattro secoli di liuteria ed è formata da oltre sessanta strumenti, alcuni dei quali appartenuti a noti collezionisti, musicisti ed esponenti dell'aristocrazia. Oltre ad interessanti esemplari di violini, viole, viole d'amore, pochettes e ghironde, si possono ammirare anche circa cinquanta strumenti a corde pizzicate fra cui chitarre, english-guitars, mandolini e liuti, costruiti dai principali artigiani europei attivi nei secoli XVII, XVIII e XIX.